Северная Наварра, 1944 год. Среди горных лесов разворачивается жестокая борьба между отрядом повстанцев и силами фашистов. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему новому отчиму — капитану Видалю. Этот высокомерный офицер армии Франко безжалостно преследует цель очистить территорию от мятежников, не гнушаясь жестокостью. Вдали от суровых реалий войны Офелия находит утешение в сказках и волшебных историях.
Случайно обнаружив древний заброшенный лабиринт неподалеку от дома, девочка встречает загадочную фею, которая проводит её в самое сердце этого таинственного места. Там Офелия знакомится с Фавном, хранителем подземного царства. Существо открывает ей невероятную тайну: оказывается, она — давно потерянная принцесса волшебного королевства, которую безуспешно разыскивал её отец на протяжении многих столетий. Фавн предлагает Офелии шанс вернуться в родное королевство, но для этого ей предстоит выполнить три испытания до наступления полнолуния, храня свои приключения в строжайшей тайне ото всех.